Email: witold.dyrka@pwr.edu.pl

Jednostka: Wydział Podstawowych Problemów Techniki » Katedra Inżynierii Biomedycznej

pl. Grunwaldzki 13, Wrocław
bud. D-1, pok. 117
tel. 71 320 2861

Zainteresowania naukowe

• Bioinformatyka; uczenie maszynowe; gramatyki formalne - zastosowania; proteomika; sztuczna inteligencja; analiza obrazów biomedycznych; bioobliczenia

---

Wybrane publikacje z ostatnich lat

• Jakub Wojciechowski, Emirhan Tekoglu, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Virginie Coustou, Natalia Szulc, Monika E. Szefczyk, Marta Kopaczyńska, Sven J. Saupe, Witold W. Dyrka. Exploring a diverse world of effector domains and amyloid signaling motifs in fungal NLR proteins. PLoS Computational Biology. 2022, vol. 18, nr 12, art. e1010787, s. 1-36.
  
  
• Corinne Clave, Witold W. Dyrka, Elizabeth A. Turcotte, Alexandra Granger-Farbos, Lea Ibarlosa, Benoît Pinson, Russell E. Vance, Sven J. Saupe, Asen Daskalov. Fungal gasdermin-like proteins are controlled by proteolytic cleavage.^¤ Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2022, vol. 119, nr 7, art. e2109418119, s. 1-11.
  
  
• Witold W. Dyrka, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Monika E. Szefczyk, Natalia Szulc. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars. BMC Bioinformatics. 2021, vol. 22 , art. 222, s. 1-28.
  
  
• Witold W. Dyrka, Virginie Coustou, Asen Daskalov, Alons Lends, Thierry Bardin, Mélanie Berbon, Brice Kauffmann, Corinne Blancard, Bénédicte Salin, Antoine Loquet, Sven J. Saupe. Identification of NLR-associated amyloid signaling motifs in bacterial genomes. Journal of Molecular Biology. 2020, vol. 432, nr 23, s. 6005-6027.

• Asen Daskalov, Witold W. Dyrka, Sven J. Saupe. NLR function in fungi as revealed by the study of self/non-self recognition systems. W: Genetics and biotechnology / eds. J. Philipp Benz and Kerstin Schipper. 3rd ed. Cham : Springer, cop. 2020. s. 123-141.

• Witold W. Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart. Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints. PeerJ. 2019, vol. 7, art. e6559, s. 1-35.

• Hatt M., Laurent B., Ouahabi A., Fayad H., Tan S., Li L., Lu W., Jaouen V., Tauber C., Czakon J., Drapejkowski F., Dyrka W.,  Camarasu-Pop S., Cervenansky F., Girard P., Glatard T., Kain M., Yao Y., Barillot Ch., Kirov A., Visvikis D., The first MICCAI challenge on PET tumor segmentation. Medical Image Analysis. 2018, vol. 44, s. 177-195.

Publikacje w bazie DONA

_{¤ Nie brałem udziału w projektowaniu, prowadzeniu i analizie wyników badań wykorzystujących embrionalną linię komórkową HEK293T przedstawionych w publikacji. W moim przekonaniu należy zdecydowanie unikać stosowania tej linii ze względu na jej pochodzenie z abortowanego płodu ludzkiego.}