Email: witold.dyrka@pwr.edu.pl

Jednostka: Wydział Podstawowych Problemów Techniki » Katedra Inżynierii Biomedycznej

pl. Grunwaldzki 13, Wrocław
bud. D-1, pok. 117
tel. 71 320 2861

Zainteresowania naukowe

• bioinformatyka; proteomika | uczenie maszynowe; gramatyki formalne - zastosowania | sztuczna inteligencja; analiza obrazów biomedycznych | bioobliczenia

---

Wybrane publikacje z ostatnich lat

• Oliwia Polańska, Natalia Szulc, Witold W. Dyrka, Alicja W. Wojciechowska, Małgorzata Kotulska, Andrzej M. Żak, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Monika E. Szefczyk. Environmental sensitivity of amyloidogenic motifs in fungal NOD-like receptor-mediated immunity: Molecular and structural insights into amyloid assembly. International Journal of Biological Macromolecules. 2025, 140773.

• Natalia Szulc, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Paweł Żyłka, Monika E. Szefczyk, Jakub Wojciechowski, Andrzej M. Żak, Witold W. Dyrka, Aleksandra M. Kaczorowska, Michał Burdukiewicz, Mounir Tarek, Małgorzata Kotulska. Structural effects of charge destabilization and amino acid substitutions in amyloid fragments of CsgA. Spectrochimica Acta. Part A, Molecular and Biomolecular Spectroscopy. 2024, vol. 313, art. 124094, s. 1-12.

• Jakub Wojciechowski, Emirhan Tekoglu, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Virginie Coustou, Natalia Szulc, Monika E. Szefczyk, Marta Kopaczyńska, Sven J. Saupe, Witold W. Dyrka. Exploring a diverse world of effector domains and amyloid signaling motifs in fungal NLR proteins. PLoS Computational Biology. 2022, vol. 18, nr 12, art. e1010787, s. 1-36.
  
  
• Corinne Clave, Witold W. Dyrka, Elizabeth A. Turcotte, Alexandra Granger-Farbos, Lea Ibarlosa, Benoît Pinson, Russell E. Vance, Sven J. Saupe, Asen Daskalov. Fungal gasdermin-like proteins are controlled by proteolytic cleavage.^¤ Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2022, vol. 119, nr 7, art. e2109418119, s. 1-11.
  
  
• Witold W. Dyrka, Marlena E. Gąsior-Głogowska, Monika E. Szefczyk, Natalia Szulc. Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars. BMC Bioinformatics. 2021, vol. 22 , art. 222, s. 1-28.
  
  
• Witold W. Dyrka, Virginie Coustou, Asen Daskalov, Alons Lends, Thierry Bardin, Mélanie Berbon, Brice Kauffmann, Corinne Blancard, Bénédicte Salin, Antoine Loquet, Sven J. Saupe. Identification of NLR-associated amyloid signaling motifs in bacterial genomes. Journal of Molecular Biology. 2020, vol. 432, nr 23, s. 6005-6027.

• Asen Daskalov, Witold W. Dyrka, Sven J. Saupe. NLR function in fungi as revealed by the study of self/non-self recognition systems. W: Genetics and biotechnology / eds. J. Philipp Benz and Kerstin Schipper. 3rd ed. Cham : Springer, cop. 2020. s. 123-141.

Publikacje w bazie DONA

_{¤ Nie brałem udziału w projektowaniu, prowadzeniu i analizie wyników badań wykorzystujących embrionalną linię komórkową HEK293T przedstawionych w publikacji. W moim przekonaniu należy zdecydowanie unikać stosowania tej linii ze względu na jej pochodzenie z abortowanego płodu ludzkiego.}

---

Wybrane publikacje
1	Artykuł 2025 Krzysztof G Pysz, Jakub Gałązka, Witold W Dyrka, Harnessing deep learning for proteome-scale detection of amyloid signaling motifs. Bioinformatics. 2025, vol. 41, nr 1, suppl. 1, s. 420–428. ISSN: 1367-4803; 1367-4811 Zasoby:DOIURLSFX
2	Artykuł 2025 Oliwia Polańska, Natalia Szulc, Witold W Dyrka, Alicja W Wojciechowska, Małgorzata Kotulska, Andrzej M Żak, Marlena E Gąsior-Głogowska, Monika E Szefczyk, Environmental sensitivity of amyloidogenic motifs in fungal NOD-like receptor-mediated immunity: molecular and structural insights into amyloid assembly. International Journal of Biological Macromolecules. 2025, vol. 304, Pt. 1, art. 140773, s. 1-13. ISSN: 0141-8130; 1879-0003 Zasoby:DOIURLSFX
3	Artykuł 2024 Natalia Szulc, Marlena E Gąsior-Głogowska, Paweł Żyłka, Monika E Szefczyk, Jakub Wojciechowski, Andrzej M Żak, Witold W Dyrka, Aleksandra M Kaczorowska, Michał Burdukiewicz, Mounir Tarek, Małgorzata Kotulska, Structural effects of charge destabilization and amino acid substitutions in amyloid fragments of CsgA. Spectrochimica Acta. Part A, Molecular and Biomolecular Spectroscopy. 2024, vol. 313, art. 124094, s. 1-12. ISSN: 1386-1425; 1873-3557 Zasoby:DOIURLSFX
4	Artykuł 2022 Jakub Wojciechowski, Emirhan Tekoglu, Marlena E Gąsior-Głogowska, Virginie Coustou, Natalia Szulc, Monika E Szefczyk, Marta Kopaczyńska, Sven J Saupe, Witold W Dyrka, Exploring a diverse world of effector domains and amyloid signaling motifs in fungal NLR proteins. PLoS Computational Biology. 2022, vol. 18, nr 12, art. e1010787, s. 1-36. ISSN: 1553-734X; 1553-7358 Zasoby:DOIURLSFX
5	Artykuł 2022 Corinne Clave, Witold W Dyrka, Elizabeth A Turcotte, Alexandra Granger-Farbos, Lea Ibarlosa, Benoît Pinson, Russell E Vance, Sven J Saupe, Asen Daskalov, Fungal gasdermin-like proteins are controlled by proteolytic cleavage. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2022, vol. 119, nr 7, art. e2109418119, s. 1-11. ISSN: 0027-8424; 1091-6490 Zasoby:DOISFX
6	Artykuł 2021 Witold W Dyrka, Marlena E Gąsior-Głogowska, Monika E Szefczyk, Natalia Szulc, Searching for universal model of amyloid signaling motifs using probabilistic context-free grammars. BMC Bioinformatics. 2021, vol. 22 , art. 222, s. 1-28. ISSN: 1471-2105 Zasoby:DOIURLSFX
7	Rozdział w monografii 2020 Asen Daskalov, Witold W Dyrka, Sven J Saupe, NLR function in fungi as revealed by the study of self/non-self recognition systems. W: Genetics and biotechnology / eds. J. Philipp Benz and Kerstin Schipper. 3rd ed. Cham : Springer, cop. 2020. s. 123-141. ISBN: 978-3-030-49923-5; 978-3-030-49924-2 Zasoby:DOIURLSFX
8	Artykuł 2020 Witold W Dyrka, Virginie Coustou, Asen Daskalov, Alons Lends, Thierry Bardin, Mélanie Berbon, Brice Kauffmann, Corinne Blancard, Bénédicte Salin, Antoine Loquet, Sven J Saupe, Identification of NLR-associated amyloid signaling motifs in bacterial genomes. Journal of Molecular Biology. 2020, vol. 432, nr 23, s. 6005-6027. ISSN: 0022-2836; 1089-8638 Zasoby:DOIURLSFX
9	Referat konferencyjny 2020 Olgierd Unold, Witold W Dyrka, Mateusz O Gabor, Unsupervised grammar induction for revealing the internal structure of protein sequence motifs. W: Artificial intelligence in medicine : 18th International Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2020, Minneapolis, MN, USA, August 25–28, 2020 : proceedings / eds. Martin Michalowski, Robert Moskovitch. Cham : Springer, cop. 2020. s. 299-309. ISBN: 978-3-030-59136-6; 978-3-030-59137-3 Zasoby:DOIURLSFX
10	Komunikat konferencyjny 2019 Robert Kowalski, Mateusz Pyzik, Witold W Dyrka, Towards improved evolutionary learning of probabilistic context-free grammars for protein sequences. W: EVO* 2019 : The Leading European Event on Bio-Inspired Computation : Leipzig, Germany, 24-26 April 2019 : late breaking abstracts / eds. A. M. Mora, A. I. Esparcia-Alcázar. [B.m. : b.w., 2019]. s. 10-11. Zasoby:URL

Wszystkie publikacje pracownika